W lutym 2005 roku Błaszczykowski zjawił się w Stolicy Małopolski i rozpoczął dwutygodniowe testy w Wiśle, te przebiegły pomyślnie i 24 lutego podpisał umowę z wielokrotnym mistrzem Polski. Błaszczykowski na swój premierowy mecz pod Wawelem musiał poczekać dopiero miesiąc, w polskiej ekstraklasie zadebiutował 20 marca 2005, w wygranym 3:1 spotkaniu przeciwko Polonii Warszawa. W swoim debiutanckim sezonie 2004/2005 rozegrał łącznie 11 spotkań, strzelając jednego gola i notując asystę. Wisła Kraków zdobyła mistrzostwo Polski.

Początek sezonu 2005/2006 był trudny dla Błaszczykowskiego, gdyż przez pierwsze kilkanaście kolejek nie łapał się nawet do kadry meczowej. W krakowskim zespole w krótkim odstępie czasowym było kilku trenerów, na ławce zasiadali Jerzy Engel, Tomasz Kulawik oraz Dan Petrescu. Engel nie dawał żadnej szansy Błaszczykowskiemu, dopiero Tomasz Kulawik i Dan Petrescu zaczęli stawiać na przyszłą gwiazdę i była to bardzo dobra decyzja. Błaszczykowski grał świetnie, był i jego najpewniejszym punktem. Zdobył wyróżnienie dla najlepszego pomocnika ligi w sezonie.

Kampania 2006/2007 była najlepszą w wykonaniu Kuby w barwach Wisły Kraków. Na szczególne uznanie zasługuje jego gra w Pucharze UEFA, w sześciu meczach europejskiego pucharu Jakub Błaszczykowski zanotował aż pięć asyst, co niewątpliwie przykuło uwagę wielu, zagranicznych klubów. W ekstraklasie również nie miał sobie równych. Świetna forma zaowocowała zdobyciem „Piłkarskiego Oscara” za najlepszego pomocnika Ekstraklasy oraz miejsce w najlepszej jedenastce ligi w plebiscycie Polskiego Związku Piłkarzy sezonu 2006/2007. Znakomita postawa w Wiśle Kraków zaowocowała zagranicznym transferem. 1 lipca 2007 roku Borussia Dortmund wykupiła Kubę Błaszczykowskiego za 3,7 miliona euro.

W styczniu 2019 byliśmy świadkami największego powrotu w historii Ekstraklasy, Jakub Błaszczykowski niczym na białym koniu przyjechał do Krakowa, podpisując umowę ze swoją ukochaną Wisłą Kraków. Po nieudanym rozdziale w Wolfsburgu i rozwiązaniu kontraktu, jako wolny zawodnik mógł bez przeszkód związać się ze swoim dawnym klubem. Co ciekawe, media podawały informacje, jakoby inne polskie kluby były zainteresowane usługami 33-letniego wówczas pomocnika. Kuba wielokrotnie zaznaczał, że jedynym zespołem znad Wisły, który będzie reprezentował, jest „Biała Gwiazda” i obiecywał, że wróci do Krakowa jako czynny piłkarz. Słowa dotrzymał.

Kuba zobowiązał się grać za darmo, mając na uwadze olbrzymie tarapaty finansowe klubu, zrezygnował ze swojej gaży. Zgodnie z przepisami i statutem ligi, musiał jednak otrzymać jakąkolwiek pensje. Oficjalnie jego miesięczne zarobki w klubie wynosiły… 500 złotych. Wszystkie zarobione pieniądze oddawał na cele charytatywne. Pożyczył także klubowi sporą kwotę własnych pieniędzy, dając tym samym ogromny zastrzyk finansowy do budżetu. W tamtym okresie Wisła Kraków była o włos od bankructwa.

W sezonie 2018/2019 Jakub stał się gwiazdą ligi i jednym z najlepiej grających zawodników na polskich boiskach. Mimo niemrawego początku, szybko odpalił i hurtowo zdobywał gole dla „Białej Gwiazdy”. W ośmiu rozegranych meczach strzelił pięć goli i zanotował dwie asysty. Statystyki na pewno byłby okazalsze, jednak pod koniec kwietnia złamał palec u nogi, przez co nie wystąpił już w końcowej fazie sezonu. Latem 2019 roku Jakub Błaszczykowski oficjalnie potwierdził, że przedłuża umowę z Wisłą do końca czerwca 2020 roku.